التحق الشيخ محمد عبدالباقى الحبيبى بالازهر الشريف وعند زيارة الشريف عبد الله ابن الشريف حسين ملك الحجاز فى ذلك الوقت لمصر توجه لزيارة الازهر الشريف ولكن قبل الزيارة اختفى شيخه واسقط فى يد ادارة الجامع فطلبوا من الطالب محمد عبدالباقى الحبيبى ان يعمل كانه استاذ فهو له هيبة ويرتدى ملابس فخمة وهيئته تدل على انه استاذ ازهرى وجاءت زيارة الشريف عبد الله ومعه شيخ الازهر ولفيف من علماء واساتذة الازهر الشريف وتقدموا صوب الحلقة وبسرعة بديهة فتح موضوعا جعل مجموعة العلماء تتوقف لتستمع لهذا الكلام القلبى ويسأل الشريف عبدالله .سؤالا ويجيبه الشيخ بثقة وهدوء مما جعل الشريف عبدالله ينحنى له ثلاثة مرات ويستاذن منه فى الانصراف

وبعد خروج الموكب سأل الشريف عبد الله الشيخ سليم البشر شيخ الجامع الازهر الا يمكن ان نشرب القهوة مع الشيخ محمد عبد الباقي الحبيبي> فيأمر الشيخ سليم باستدعاء الشيخ الحبيبى ليتعرف عليه الشريف عبدالله ولكن استاذه المختفىي ظهر ويأمره بالانصراف الى بيته ولما تاخر فى الحضور اضطر شيخ الازهر ان يوضح الامر للشريف عبدالله ويعترف بانه يعتبر نفسه تلمبذا لوالده وانه يحضر مجلس الشيخ الحبيبى الكببر بل ويقطن بالقرب منه بجوار مسجد سيدى الحبيبى

ويتجها فى مساء نفس اليوم لمقابلة الشيخ محمد عبدالهادى الحبيبى الذى استقبلهم بترحاب كبير وطلب الشريف عبدالله ان يتولى الاشراف فى الحجاز الانفاق على ابنه محمد عبد الباقي حتى ينتهى تعليمه ويتعهد بان يعين اماما للحرم فى مكة المكرمة ولكنه يجيبه هل انتم اغنى منا نحن الادارسة، ان ابنى له مامورية فى مصر ولا يمكن ان يغادرها

واستمرت المراسلات بينهما حتى بعد ان تولى الامارة على الاردن وكان يتمنى ان يتولى امامة المسجد الاقصى
عندما وصل الشيخ محمد عبدالباقى الحبيبى الى الامتحان النهائى طلب اساتذة الازهر من الشيخ سليم البشرى ان يؤخر امتحان ابن الشيخ محمد عبدالهادى الحبيبى حتى ينتهوا من لجانهم حيث ان كل لجنة تتكون من ستة علماء وتجمع علماء الازهر ليمتحنوا الطالب
محمد عبدالباقى الحبيبى
ليجيب على جميع الاسئلة باسلوب السهل الممتع المقنع وليصبح بعد ذلك من المجموعة المقربة الى الشيخ المراغى شيخ الجامع الازهر وقد ذاع .صيته لشفافيته ودعاؤه المستجاب،وله من الكرامات الكثيرة فى حياته وما بعد مماته
بسم الله الرحمن الرحيم

ولا تحسبن الذين قتلوا فى سبيل الله امواتا بل احياء عند ربهم يرزقون